崇明軍攻占南京的消息迅速的傳播開來，再次引得江南大振。受到鼓舞，無數的百姓聚衆而起，向着清軍還占領的縣城發起了攻擊。
在江南一帶的綠營兵為數不少，吳淞松江，蘇州常州，都有着數千或上萬的綠營兵，可是當南京陷落洪承疇被誅的消息傳來時，各地的清軍都陷入了惶恐之中。
松江
馬應魁帶領一萬多崇明軍一直在和吳淞城對峙，滿清蘇松提督吳勝兆曾多次出城攻擊馬應魁營地，在崇明軍的火槍火炮之下均無功而返。有馬應魁牽制吳淞的清軍，馬良兵出澱山湖，開始了席卷松江府的征程，青浦，華亭，上海各縣先後落入了崇明軍之手，滿清松江知府開城投降标志着崇明軍收複了整個松江府。
收複松江之後，馬良帶領一萬大軍來到吳淞城下，配合着馬應魁把吳勝兆圍死在城中。
吳勝兆手下的綠營兵隻有五千餘人，哪裡是兩萬餘崇明軍的對手，當南京失陷的消息傳來時，吳勝兆果斷的下令開城投降。
按照任思齊事先的安排，馬應魁帶軍鎮守吳淞口，馬良則帶領部下攻略嘉定，配合着太湖中的任興凡攻略蘇州府。
蘇州
經過了大半年的發展，任興凡屬下的軍隊已經非常龐大，和吳日生聯合之後，掌控的水陸兩軍達到了三萬餘人。當然其中絕大部分都是沒怎麼訓練的漁民，可是其中有五千原崇明軍為骨幹，依然是一支非常強大的力量。
半年來，謹遵崇明島的指示，任興凡安心在太湖發展，一邊開荒種田一邊練兵一邊聯合太湖周邊的士紳，并未有太過出格的舉動，蘇州府的清軍也曾經試圖入湖圍剿，可是在強大的崇明軍水軍的攻擊下，每次都無功而返。
元旦任思齊千裡攻打南京，任興凡也聯合吳日生從太湖出兵，開始了攻略蘇州府。
不過蘇州的駐軍非常強大，其主力是李率泰的三千八旗，以及綠營總兵土國寶的萬餘綠營兵，可見滿清對蘇州這個江南重鎮是無比的重視。
任興凡兵力雖在清軍之上，可是想輕易攻下蘇州也不可能。便和吳日生分兵而出，自己駐軍蘇州城外威逼蘇州，由吳日生帶兵攻打吳江等縣。
當南京命令各地清軍回援的命令傳到蘇州時，李率泰命令土國寶領着綠營死守蘇州，自己則帶着三千八旗連夜向南京增援。
李率泰的屬下都是騎兵，任興凡拿他沒有辦法，便一心一意的開始攻打起蘇州了。
沒有了八旗兵的坐鎮，蘇州城内的綠營兵軍心渙散，城内的士紳趁機聯合，收買了部分綠營兵的軍官，打開了蘇州的西門，任興凡帶兵一擁而入，整個綠營兵頓時土崩瓦解無心抵抗，紛紛繳械投降。土國寶占據了府學，試圖負隅頑抗，被部下斬殺，獻首級于任興凡馬前。
占據了蘇州之後，任興凡分兵奪取昆山各縣，與馬良在嘉定會師，聯兵一處開始攻打常州府。
常州的綠營兵大部分都被洪承疇的命令招去，去增援南京去了，明軍的攻勢如同沸湯融雪，所過之處根本遇到多少抵抗。二月十五日，任興凡和馬良聯軍打下了常州府，生擒滿清知府宗景，未等大軍進發，常州各縣紛紛殺掉清軍委派的官吏，獻城而降。蘇松常三府徹底光複，重新回到了大明的治下。
李率泰帶領三千八旗騎兵沿着運河而上，在丹陽遇到了正在攻打閻應元的馬得功等綠營兵。馬得功棄鎮江而逃之後，又擔心會被清廷處罰，便帶軍在鎮江一帶流連，觀望着形式。其時若是他連夜趕往南京的話，肯定能即使增援洪承疇，可是馬得功被崇明軍驚天動地的火炮吓破了膽子，根本不敢和明軍對陣。
當常州各地的綠營兵紛紛奉命增援南京時，卻被駐守在丹陽的閻應元卡在了運河上。馬得功便帶兵與他們彙合，借機把指揮權抓在自己手中，其手下的兵力達到了一萬多人。丹陽位于運河要道，若不打下來，就無法通過運河運送後勤，丢棄丹陽不顧的話，又害怕被閻應元尾随攻擊。所以馬得功陷入了進退兩難之中。
這時南京陷落的消息還未傳來，馬得功早已被八旗兵的威勢吓破了膽，根本不敢生出背叛的心思。為了彌補丢下鎮江的過錯，他開始帶兵對鎮江展開了猛烈的攻擊。
閻應元手下雖然是一鎮新兵，可是經過了數個月的訓練，其戰鬥力要比原來江陰的鄉兵好的太多。丹陽又是一座很小的縣城，擁有五千的兵力防守這麼一座小城自然不在話下。
任憑馬得功如何攻擊，在閻應元的指揮下丹陽自嵬然不動。
李率泰趕到丹陽之後，對丢了鎮江又拿不下丹陽的馬得功全無好感，喝罵了一番之後，強行帶走了馬得功手下的騎兵，渡過運河去往南京去了，留下馬得功繼續攻打丹陽。
李率泰雖然原先也是漢人，可是其家投降滿清太早，早已被滿清貴族當作自己人，新投降的馬得功地位根本無法與之相比，隻能暗歎一聲倒黴，帶領着手下繼續攻打丹陽。
李率泰帶領手下一路曉行夜宿，也不攜帶補給，全憑就地劫掠，速度很快。可是他收到南京求援的消息太晚，等趕到南京城外時，隻能看到城牆上飄揚的大明旗幟，以及嚴陣以待的賈元胤騎兵。
賈元胤手下的騎兵是崇明軍唯一一支騎兵，深受任思齊重視，其武器裝備不再八旗兵之下，人人一支三眼火铳更是彌補了其遠射能力的不足。突襲拿下南京外城更使得這支騎兵士氣高漲。
面對奔波了數百裡的李率泰騎兵，修正了多日的崇明軍騎兵怡然不懼，哪怕對方的數量是自己的兩倍。
在賈元胤的帶領下，一千五百騎兵向着立腳未定的八旗騎兵展開了沖擊。就在南京城下，兩支騎兵展開了一場厮殺，賈元胤帶兵浴皿奮戰，到底還是不敵人數戰力都在己方之上的八旗兵。任思齊派出了兩支步兵出城作戰，這才逼退了李率泰手下的八旗兵。
一番交戰，手下的八旗兵也死傷慘重，銳減到不足兩千人，李率泰萬般無奈，隻能帶兵遠離南京，可是附近各府縣都已被明軍攻陷，或者舉義重回明軍治下，李率泰帶兵想進城休整也不可得。賈元胤帶領輕騎如跗骨之蛆的跟在了李率泰的身後，每當李率泰帶兵回擊時，他就撤退，總是抽冷子給李率泰騎兵來一下。
整個江南好像全是清兵的敵人，不論是白天還是黑夜，總會有小股的明軍從山巒間密林裡突然出現，給正在休息的八旗騎兵來一下，搞的八旗兵們疲憊不堪。而一次次的襲擊使得八旗兵人數銳減，當李率泰帶兵回到丹陽時，其部下騎兵竟然隻剩下一千五百來人。
雖然丹陽依然沒有打下，可是當看到城外清軍營地時，一千多八旗兵還是松了一口氣。
馬得功殷勤的接待了他們，為他們準備了開水，準備了酒肉，以及溫暖的營地。疲憊奔波數日的八旗兵們酒足飯飽躺着溫暖的床鋪上酣然大睡時，卻沒有注意到陰險的毒蛇正在冷冷的窺視着他們。
二月二十五日，綠營總兵馬得功舉兵反正，趁夜襲擊李率泰八旗騎兵，斬殺八旗兵一千五百人，生擒漢奸李率泰。至此，整個東南地區除了杭州外，再無滿清的軍隊！